Marzouki forma parte de una estirpe de reformadores politicis tunecinos de la que forman parte, todavia en el siglo XIX, el mameluco Jayr ad-Din Pasha, impulsor de la primera constitucion tunecina, u mas recientemente Habib Burguiba, el autoritario pero laico primer presidente de la republica, que envio al exilio al padre d e Marzouki, por lo que este residio en Marruecos hasta que comenzo los estudios universitarios en Francia.